環境管理體系初步評估由咨詢師了解企業生產過程、產品特點、環境影響、環境行為、節能降耗、相關方、法律法規等情況，確定環境管理范圍制訂咨詢計劃成立貫標班子。咨詢師根據企業實際需要制訂詳細咨詢計劃成立貫標領導小組，設立貫標工作小組。

環境管理體系培訓：由咨詢師講解ISO14001等系列標準，制訂環境方針、目標和指標，根據評估情況確定方針、目標、指標及責任。

體系文件建立：文件編寫培訓，指導編寫環境管理體系手冊、程序、工作文件、記錄表格及環境方案。

文件發布：召開文件發布大會，由咨詢師策劃。

實施及內審：環境管理體系試運行，由各級部門及相關人員按文件運行，各部門派出至少一名人員參加內審員培訓，由咨詢師帶領內審員按標準文件、法律法規要求等進行內部檢查，糾正內審發現的問題，對內審發現的問題，提出糾正措施，并對實施效果進行驗證。

管理評審：由高層領導組織各有關部門對體系、方針、目標加以評價。

申請認證，環境審核的主要步驟分為五步：

第一步確定審核目的和審核范圍：環境管理體系審核的目的在于對照環境管理體系審核準則中的要求來判斷以下幾項事項：

①衡量受審核方環境管理體系運行及符合情況；

②確定其環境管理體系是否得到了妥善的實施和保持；

③發現體系中可進一步改善的因素；

④評價組織內部管理評審是否能夠保證環境管理體系的持續有效和適用。

第二步確定審核準則：

①衡量ISO14001環境管理體系是否完善；

②環境管理體系的活動是否正確；

③實施情況是否良好；

④體系是否充分適合于組織的環境方針和目標。

第三步：收集信息并做出分析，以提供審核證據

第四步：判斷審核證據是否符合審核準則（注意證據與結論有可能受時間、資源的限制而有局限性和不確定性）

第五步：提交審核報告，做出結論

頒發證書之后，表明企業已經按照ISO14000認證標準建立起了環境管理體系，證書的有效期為3年，在3年內，認證機構還要對企業進行監督審核，以確保企業有效實施已經建立起來的環境管理體系。3年期滿之后，如果企業想繼續獲得證書，需要進行復審換證。